Nakon uspješno završenih magistarskih studija, svoje naučno usavršavanje nastavlja na Filozofskom fakultetu u Nikšiću, gdje je nedavno i doktorirao odbranivši disertaciju pod nazivom: „Albanci u Crnoj Gori 1945–1955: modernizacija i identitet“. Ova tema, koja dotiče osjetljive procese društvene transformacije i nacionalnog samoidentifikovanja, potvrđuje njegovu posvećenost temama koje oblikuju savremeno razumijevanje istorije Crne Gore.

Doktor Šćekić je uradio brojne istraživačke radove i objavio nekoliko knjiga sa tematikom koja se usko mogu poezati za nacionalne Muslimane u Crnoj Gori i njihovu istoriju. Pomenućemo:

-Crnogorski muslimani u crnogorskoj vojsci u Prvom svjetskom ratu (1914-1916)
-Muslimani iz novooslobođenih krajeva u Prvom svjetskom ratu (1914-1916)
-Osmanski zarobljenici u Crnoj Gori (1912-1913)
-Molbe emigranata Osmanskog carstva crnogorskim vlastima (1910-1911)

Pored toga, dr Šćekić se posebno istakao kroz istraživački i uređivački rad u okviru časopisa „Glas Mrkojevića“, gdje vodi autorsku rubriku „Istorija bez posrednika“. Kroz ovu rubriku objavio je na desetine dosad nepoznatih arhivskih izvora i dokumenata o plemenu Mrkojevići, čime je dao nemjerljiv doprinos očuvanju i popularizaciji lokalne istorije.

Takođe je priredio zbornik dokumenata „Mrkojevići 1945–1955: politika i društvo“, koji je trenutno u pripremi za štampu, a čiji se značaj ogleda u tome što predstavlja jedan od rijetkih sistematizovanih pokušaja da se kroz dokumentaciju obuhvati jedno važno i turbulentno istorijsko razdoblje iz perspektive manjinskih zajednica.

Za svoj predani naučno-istraživački rad, posebno u domenu istorije nacionalnih Muslimana u Crnoj Gori, dr Milan Šćekić je prepoznat i nagrađen priznanjem za očuvanje Nacionalnog identiteta Muslimana Crne Gore. Ovo priznanje ne samo da potvrđuje njegovu naučnu vrijednost i autoritet, već i njegovu odgovornu društvenu ulogu u očuvanju sjećanja, identiteta i istorijske istine.

Njegov rad predstavlja važan most između savremene naučne misli i naslijeđa koje ne smije biti zaboravljeno. Kroz posvećenost istraživanju i valorizaciji doprinosa Muslimana u istoriji Crne Gore, dr Šćekić ostaje jedan od najvažnijih hroničara jedne složene, ali izuzetno značajne prošlosti.